Flagellaten zijn de parasieten (Trichomonas, Giardia, Hexamiten). Bij duiven zijn er verschillende soorten van protozoaire parasieten of flagellaten die een ziekte kunnen veroorzaken. Trichomonas gallinae komt voornamelijk voor tijdens de zomermaanden bij kanaries en prachtvinken. De vogels worden suf, kortademig en hebben een verminderde voederopname.