Metronidazol werkt tegen bepaalde bacteriën, amoeben en andere eencellige parasieten. Artsen schrijven het voor bij infecties met eencellige parasieten, zoals darmontsteking door parasieten en trichomonas, bacteriële vaginose, infecties met amoeben, infecties met bacteriën, huidinfecties en maag- en darmzweer.